Zuständig für die Durchführung der Umsatzsteuer-Sonderprüfung ist das Finanzamt von dessen Bezirk aus der Unternehmer sein Unternehmen vorwiegend betreibt.

Es gelten die Regeln für Betriebsprüfungen. Daher ist eine formelle Prüfungsanordnung erforderlich, bevor mit einer solchen Prüfung begonnen werden kann. Jedoch kann die Prüfung kurzfristig angeordnet werden. D.h. bei kleinen und mittelständischen Betrieben kann eine kürzere Frist als zwei Wochen angeordnet werden (wie bei normalen Außenprüfungen üblich).

Anlass für eine Umsatzsteuer-Sonderprüfung sind Auffälligkeiten bei den Umsatzsteuer-Voranmeldungen bzw. den Jahreserklärungen.

Typische Prüfungsthemen sind :

  • ungewöhnlich hohe Vorsteuerbeträge

  • innergemeinschaftliche Erwerbe

  • hohe Vorsteuerbeträge bei Neugründungen

  • für den Vorsteuerabzug unschädliche steuerfreie Ausgangsumsätze

  • Vergleich der Umsätze mit den Vorsteuerbeträgen ergibt ein nicht plausibles Gesamtbild

Umsatzsteuer-Sonderprüfungen sind i.d.R. nur Teilprüfungen. Sie erstrecken sich nur auf einzelne, aktuelle Voranmeldungszeiträume und werden zeitnah durchgeführt.

Da dann der Steuerfall nicht abschließend geprüft worden ist, kann die Finanzverwaltung den jeweiligen Änderungsbescheid unter dem Vorbehalt der Nachprüfung ergehen lassen. Dadurch kann das Finanzamt den Bescheid jederzeit innerhalb der Festsetzungsfrist von i.d.R. vier Jahren ändern.

Sollte die Prüfungsanordung jedoch keine Begrenzung auf bestimmte Voranmeldungszeiträume oder Sachverhalte enthalten, besteht ein Anspruch auf Aufhebung eines ggf. vorhandenen Vorbehaltsvermerks. Dadurch benötigt das Finanzamt in der Folge eine besondere Korrekturvorschrift um den Bescheid später nochmals ändern zu können.

Darüberhinaus greift bei einer solchen Vollprüfung eine Änderungssperre. Der aufgrund der Prüfung ergehende Änderungsbescheid kann dann nur noch bei dem Vorliegen einer Steuerhinterziehung oder einer leichtfertigen Steuerverkürzung geändert werden.

Daneben ist hervorzuheben, dass alle Mitgliedstaaten der Europäischen Union sich verpflichtet haben, sich gegenseitig Amtshilfe durch Informationsaustausch zu leisten. Die deutsche Finanzverwaltung hat beschlossen, dass davon im Rahmen von Umsatzsteuer-Sonderprüfungen bei grenzüberschreitenden Sacherhalten Gebrauch gemacht wird. Daher ist insbesondere auch bei grenzüberschreitenden Transaktionen auf eine ordnungsgemäße Dokumentation und korrekte Rechnungsstellung zu achten.